ふるさと納税と医療費控除は同時に申告できます。
それぞれ違う控除制度ですが、ともに課税所得を小さくできるため、積極的に利用したいですね。
ただし、併用する上では注意すべき点があります。
ここでは、医療費控除とはなにか、ふるさと納税の仕組み、両方併用する時の注意点や申告時の必要書類・手続き方法など、ふるさと納税と医療費控除を併用する場合について解説します。
併用時に起こりがちなトラブルに関してもQ&Aでまとめましたので、ぜひご覧ください。

ふるさと納税と医療費控除って、どんな関係があるの？

そもそも医療費控除って？

医療費控除とは、1月1日〜12月31日までの1年間に支払った医療費が一定額を超えると、超過分に対して所得控除を受けられる制度です。
自分だけでなく、生計を一にする配偶者やその他親族が対象で、確定申告が必要です。

医療費控除には、「通常の医療費控除」と「セルフメディケーション税制」の2種類があります。
この2つを同時に利用することはできません。

通常の医療費控除

通常の医療費控除は、年間で支払った医療費が10万円を超えた場合に所得控除を受けられる制度です。一般的に「医療費控除」という場合はこちらを指します。
医療費の合計から10万円を差し引いた額に対して最大200万円まで、所得税からは還付金として、住民税からは税額控除の形で控除が受けられます。
なお、総所得金額（課税所得ではないので注意）が200万円未満の場合は10万円ではなく「所得の5％」になります。

医療費控除の対象となる金額は、以下の計算式で決まります。

【医療費控除額＝医療費の年間合計額－保険金など補填された額－10万円（もしくは所得の5％）】

この医療費控除額に対して、所得税率と住民税率をかけた金額が還付・控除されます。

【所得税】医療費控除額×所得税率＝還付金額
【住民税】医療費控除額×住民税率（一律10％）＝控除金額

例えば、20万円の医療費を支払った場合は以下の計算になります。

≪例≫
対象者：医療費の総額30万円、所得税率20％、住民税10％
医療費控除額の計算：300,000円－100,000円＝200,000円
還付金額の計算：200,000円×0.2＝40,000円
住民税控除額の計算：200,000円×0.1＝20,000円
控除合計額：所得税からの還付金40,000円＋住民税からの税額控除20,000円＝60,000円

セルフメディケーション税制

セルフメディケーション税制は、医療費控除の特例として2017年1月に始まりました。
当初は5年間の時限措置でしたが、さらに5年間延長されて2026年12月31日まで適用されています。
厚生労働省が発表している「スイッチOTC医薬品」と呼ばれる対象品目を年間12,000円以上（上限88,000円）購入すると、超過分について所得控除を受けられます。
控除対象は医療費控除と同じ、所得税と住民税です。

セルフメディケーション税制での控除額の計算式は、以下の通りです。

【所得税】（年間購入額－12,000円）×所得税率＝還付金額
【住民税】（年間購入額－12,000円）×住民税率（一律10％）＝控除金額

例えば、5万円の医療費を支払った場合は以下の計算になります。

≪例≫
対象者：スイッチOTC医薬品の購入総額5万円、所得税率20％、住民税10％
所得税還付金の計算：（50,000円－12,000円）×0.2＝7,600円
住民税控除額の計算：（50,000円－12,000円）×0.1＝3,800円
控除合計額：所得税からの還付金7,600円＋住民税からの税額控除3,800円＝11,400円

ふるさと納税の仕組み

ふるさと納税は、「納税」と名が付いていますが実際には自治体への「寄付」です。
任意の自治体に対して寄付を行うと所得税と住民税からの控除を受けられ、さらに自治体からのお礼として返礼品を受け取れます。
控除を受けられる寄付金額の限度（上限）額は条件により異なりますが、限度額内であれば、寄付の合計金額から2,000円を引いた額が控除されます。

ふるさと納税による寄付金控除を受けるためには、「確定申告」もしくは「ワンストップ特例制度」を利用して申請する必要があります。
ワンストップ特例制度は一定の条件を満たす場合に利用できる申請方法で、確定申告よりも簡単で手間がかかりません。
ただし、一般的に難しいと思われている確定申告でも、当サイトでふるさと納税を行うと書類が少なく済み、簡単に申告できます。

詳しくは、こちらをご覧ください。

ふるさと納税と医療費控除は併用できるの？

ふるさと納税と医療費控除は異なる控除制度ですが、ともに「所得税と住民税から控除が受けられる」「1年間の支出合計から算定される」という共通点があり、同時に申請できます。
どちらも課税所得を小さくするために有効な制度なので、ぜひ利用してください。
ただし、ふるさと納税と医療費控除を併用する場合、いくつか注意すべきポイントがあります。

ふるさと納税と医療費控除を併用するときの注意点

併用時の注意点①上限額が変わる

ふるさと納税と医療費控除を併用すると、ふるさと納税で寄付を行う時に注意すべき「控除限度（上限）額」が減ります。
控除限度額を超えてふるさと納税を行うと、限度額を超えた分は自己負担となってしまうため、控除を満額で受けるならば限度（上限）額を超えないようにふるさと納税を行う必要があります。

両制度を併用するとふるさと納税の控除限度（上限）額が減ってしまう理由は、以下の2点にあります。

1. ①医療費控除は、課税所得を減らす「所得控除」が受けられる
2. ②ふるさと納税の控除限度（上限）額は、計算方法に個人住民税所得割額が使われている

個人住民税所得割額とは、所得に応じて住民税に課税される金額のことです。
医療費控除で所得額が減ると、個人住民税所得割額も減ります。
ふるさと納税の控除限度（上限）額の計算では、個人住民税所得割額が減れば限度額も減ります。
そのため、ふるさと納税と医療費控除を併用すると、ふるさと納税のみで寄付金控除を申請する場合に比べて控除限度（上限）額が減少するのです。

一般的に減少率は目安として「医療費控除の2％」程度で、そんなに大きな減少にはなりません。
ただし、医療費控除の額が非常に大きい場合には、ふるさと納税の控除限度（上限）額も大きく減少します。
医療費控除を申請するかどうかは年末までわからないこともあるため、控除限度（上限）額ギリギリまでふるさと納税を行うことは避けた方が安心です。

医療費控除によるふるさと納税上限額の一例を年収ごとにご紹介しますので、参考にしてください。
すべて、自己負担額2,000円を含む金額です。

対象：独身もしくは共働き夫婦（配偶者控除等なし）、子供なし

【年収300万円の場合】

ふるさと納税のみ：約28,000円
ふるさと納税＋医療費控除20万円：約24,000円
ふるさと納税＋医療費控除40万円：約19,000円

【年収500万円の場合】

ふるさと納税のみ：61,000円
ふるさと納税＋医療費控除20万円：約56,000円
ふるさと納税＋医療費控除40万円：約48,000円

【年収700万円の場合】

ふるさと納税のみ：108,000円
ふるさと納税＋医療費控除20万円：約103,000円
ふるさと納税＋医療費控除40万円：約85,000円

対象：共働き夫婦（配偶者年収100万円）＋子供1人（16歳）

【年収300万円の場合】

ふるさと納税のみ：約13,000円
ふるさと納税＋医療費控除20万円：約8,000円
ふるさと納税＋医療費控除40万円：約3,000円

【年収500万円の場合】

ふるさと納税のみ：42,000円
ふるさと納税＋医療費控除20万円：約37,000円
ふるさと納税＋医療費控除40万円：約33,000円

【年収700万円の場合】

ふるさと納税のみ：78,000円
ふるさと納税＋医療費控除20万円：約73,000円
ふるさと納税＋医療費控除40万円：約68,000円

上記はあくまで一例です。
詳しい金額が知りたい場合は、お近くの税理士さんへのご相談や自治体へ直接ご相談ください。

併用時の注意点②確定申告必須

ふるさと納税と医療費控除を併用する場合、必ず確定申告をしなければなりません。

ふるさと納税の申請方法には確定申告とワンストップ特例制度の2種類があります。
確定申告不要の給与所得者で、「寄付先が5自治体以内」など一定の条件を満たす場合に利用できるワンストップ特例制度は、手続きが簡単で多く利用されています。

しかし、医療費控除は確定申告でのみ申請できる控除です。
ワンストップ特例制度を利用している方が医療費控除のために確定申告を行うと、ワンストップ特例制度は利用しなかったことになります。

そのため、ふるさと納税と医療費控除を併用する場合には、それまでワンストップ特例制度を利用するつもりで自治体に書類を返送していたとしても、確定申告を行うことが必要になるのです。
確定申告の書類には、医療費控除に加えふるさと納税の寄付金控除についても必ず記入してください。

なお、ふるさと納税と医療費控除で確定申告を行う場合は「還付申告」となるため、通常2月16日〜3月15日に設定される確定申告期間よりも前（1月1日〜）から申告できます。

ワンストップ特例制度について、詳しくはこちらをご覧ください。

ふるさと納税と医療費控除を同時に確定申告する時の手続き方法

ふるさと納税と医療費控除を同時に申告する場合の必要書類と手続き方法を紹介します。

手続き方法

確定申告の手続き方法は、3種類あります。

①確定申告会場へ行き、確定申告書を作成・提出する

確定申告の時期が近付くと、各税務署に「確定申告会場」が設置されます。税務署によっては別会場に開設されることもあります。
この会場では、確定申告の申請書作成相談や申告書受付ができます。
必要書類を持参すれば、不明な点を尋ねつつ申告書の作成・提出が可能です。
混雑緩和を目的に入場整理券が配布されることがあるため、管轄税務署や国税庁のホームページなどで確認しましょう。

②国税庁の特設サイトを利用して作成し、出力・郵送する

確定申告の時期になると、国税庁のホームページに当該年度の「確定申告特集」というページが作られます。
そのページにある「確定申告書等作成コーナー」を利用して確定申告書を作成できます。
完成した申告書を出力し、必要書類を添付して管轄税務署へ郵送します。
各種控除の合計額や還付金額などが自動で計算されるため、間違いが少なく便利です。
ふるさと納税の確定申告手続きについて、詳しくはこちらをご覧ください。

③電子申告（e－Tax）で申告する

②同様、当該年度の「確定申告書等作成コーナー」から電子申告できます。
作成中に不明な点がある場合は、「国税局電話相談センター」や「e-Tax・作成コーナーヘルプデスク」へ電話して問い合わせることができます。

＞＞国税局電話相談センター

＞＞e－Tax・作成コーナーヘルプデスク

こんなときどうする？ふるさと納税と医療費控除に関するQ＆A

ふるさと納税と医療費控除を併用する時によくある質問をまとめました。

ワンストップ特例制度を申請していたけれど、医療費控除を申請することに！どうすればいい？

そのままふるさと納税と医療費控除の確定申告をしましょう。
後から確定申告を行うと、それまでワンストップ特例制度を申請していても無効になります。
寄付先の自治体などへの連絡は必要ありません。
「ふるさと納税の控除はワンストップ特例制度で、医療費控除のみ確定申告」ということはできないため、確定申告では必ずふるさと納税の寄付金控除も申告してください。

ワンストップ特例制度を利用するつもりで寄付金受領証明書を捨ててしまった！

ほとんどの自治体では、寄付金受領証明書を再発行してくれます。まずは寄付先の自治体に問い合わせてみましょう。
その場合、再発行には1〜2週間、最大2か月ほどかかることがあります。
確定申告の締め切りに間に合わない場合でも、ふるさと納税と医療費控除のみの確定申告であれば「還付申告」となるため問題ありません。そのまま申告しましょう。
なお、当サイトでふるさと納税を行った方は、寄付金受領証明書のかわりに当サイトからダウンロードできる「寄附金控除に関する証明書」が1枚あれば確定申告できます。

医療費控除だけで確定申告を済ませてしまった！ふるさと納税の分はどうする？

医療費控除もしくはふるさと納税だけで確定申告をしてしまい、後から追加でもう片方を申告したい場合には、「更正の請求」を行います。
国税庁のホームページからダウンロードできる「更正の請求書」で申告します。
その際は、申告し忘れた控除だけでなく、すべての控除を再度申告しましょう。

医療費控除以外にもふるさと納税と併用できる控除ってあるの？

医療費控除以外には、住宅ローン控除やiDeCo（イデコ・個人型確定拠出年金）などがふるさと納税と併用可能です。

【住宅ローン控除】

初年度のみ確定申告が必要ですが、2年目以降は年末調整で処理できるため、ふるさと納税はワンストップ特例制度が利用できます。

【iDeCo（イデコ・個人型確定拠出年金）】

積立金額の全額が控除できます。こちらも年末調整で処理できるため、他に控除がなければふるさと納税はワンストップ特例制度を利用できます。

併用する場合はサイトにあるシミュレーションは使えない？

当サイトや他のふるさと納税ポータルサイトで提供しているシミュレーションは、多くの場合「かんたんシミュレーション」と「詳細シミュレーション」の2種類が用意されています。
このうち、「かんたんシミュレーション」は収入や家族構成から控除限度（上限）額を導き出すものです。
そのため医療費控除を併用する場合には、「詳細シミュレーション」を利用しましょう。
なお、詳細シミュレーションの「医療費控除額」欄には、実際にかかった医療費ではなく、以下の計算式で計算された控除額を入力してください。